Necesitas 3 archivos, Cabecera, Linea y por último detalle de los lotes
La primera no tienes problema, esa irá enlazada con el campo ParentKey a tu detalle
Lo interesante es en los lotes, donde por cada lote debes repetir el LineNum de tu articulo, es decir
Plantilla detalle items
LineNum ItemCode Quantity
0 ITEM1 10
1 ITEM2 20
Plantilla detalle Lotes
ParentKey BatchNum Quantity
0 ABCD 10
1 DEFG 5
1 WXYZ 15
Espero haberte dado una idea