David,
A BAdI nova pode até ser chamada no processo do CT-e, não achei nada que indicasse se ela é ou não chamada.
Já a BAdI antiga, essa é chamada normalmente. Se você analisar o código da função J_1B_NF_MAP_TO_XML, verá que ela chama a função J_1B_CTE_MAP_TO_XML para os casos onde o modelo for 57 (CT-e). Nessa função, não existe restrição a chamada dos métodos FILL_CTE_200 ou FILL_CTE por conta do flag J_1BNFDOC-IND_BADI_CTRL.
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JN